Principiile sistemului HACCP sunt:

Principiul 1 identificarea pericolelor asociată cu producerea alimentelor în toate fazele fluxului tehnologic şi evaluarea lor comparativ cu nocivitatea faţă de consumator, descriind şi măsurile de control sau de prevenire;

Principiul 2 identificarea, pe flux tehnologic, a punctelor critice de control care, menţinute sub control, sunt în măsură să prevină, să elimine sau să reducă până la limite acceptabile pericolul;

Principiul 3 stabilirea limitelor critice care nu trebuie depăşite pentru a ne asigura că punctul critic de control (PCC-ul) este sub control;

Principiul 4 stabilirea sistemului de monitorizare pentru a evalua dacă au fost respectate criteriile stabilite;

Principiul 5 stabilirea de eventuale acţiuni corective, în cazul în care monitorizarea indică faptul că un anumit PCC nu mai este sub control

Principiul 6 stabilirea procedurilor pentru a verifica dacă întreg sistemul HACCP îndeplineşte obiectivele fixate;

Principiu 7 documentarea tuturor procedurilor adoptate pentru realizarea planului HACCP.

Aplicarea principiilor HACCP conform Codex Alimentarius într-o unitate de producţie presupune parcurgerea logică a unor etape specifice unui plan de lucru HACCP, caracteristic pentru fiecare proces şi / sau produs analizat.